Joniškėlio (Pasvalio r.) dvaras minimas jau XVI a. pabaigoje. Ypač ši vieta suklesti, kai ją XVIII a. pradeda valdyti italų kilmės dvarininkai Karpiai. Jų rūpesčiu išplėtojama dvaro infrastruktūra: išplečiama sodyba (plotas beveik 40 ha), pasodinamas vienas didžiausių Lietuvoje parkas (34 ha). Igno Karpio pastangomis Joniškėlyje atidaroma seniausia Lietuvoje universitetinė kaimiška pradžios mokykla ir ligoninė.
XIX a. pab. gydytojo J. L. Petkevičiaus ir aplink jį susispietusių tautinio atgimimo veikėjų dėka Joniškėlis tampa vienu didžiausių Šiaurės Lietuvos kultūros, lietuvybės ir valstybingumo centru. Iš šio krašto kilę, čia gyvenę ir dirbę Gabrielė Petkevičaitė-Bitė, Petras Vileišis, Kazys Bizauskas taps atkuriamos Lietuvos valstybės signatarais.
1918 metų Lietuvos nepriklausomybę Joniškėlio valsčiaus (1918 metais Joniškėlis – apskrities (vokiškai Kreiss) centras su 14 valsčių: Daujėnų, Joniškėlio, Klovainių, Krinčino, Kriukų, Linkuvos, Pakruojo, Pasvalio, Pašvitinio, Pušaloto, Pumpėnų, Saločių, Vaškų ir Žeimelio. Apskrities plotas 2430 km², gyvena 60552 gyventojai) žmonės pasitinka su entuziazmu. Iš vokiečių perimamas krašto valdymas, kuriama vietos savivalda, organizuojami pirmieji Lietuvoje mokytojų kursai ir t. t.
Deja, naujos valstybės kūrimo darbus nutraukia netikėta bolševikų okupacija. Joniškėlis atsiduria pačiame Nepriklausomybės kovų įkarštyje, Raudonosios armijos užnugaryje. Vietiniai gyventojai suformuoja slaptą partizaninę pasipriešinimo organizaciją, kuri telkė apsaugos būrius, plėtojo ardomąją veiklą, agitavo kovoti dėl Lietuvos nepriklausomybės, kaupė ginklus, patikimus žmones įterpė į sovietinės valdžios įstaigas. Organizatoriai – Petras Gudelis, Antanas Kazilevičius, Jonas Navakas, Antanas Stapulionis, Aleksandras Šumskis.
Traukiantis Lietuvos kariuomenės ir saksų savanorių dalinių puolamai Raudonajai armijai, nuo 1919 m. kovo 22 d. Joniškėlio mirties batalionu pasivadinę partizanai iš pradžių Joniškėlyje, netrukus ir kitur ėmė veikti viešai – Joniškėlyje nuginklavo dalį Raudonosios armijos Žemaičių pulko karių, persekiojo atsitraukiančius Raudonosios armijos dalinius, išvaduotoje teritorijoje kūrė Lietuvos valdžios institucijas. 1919 m. balandžio pradžioje partizanai, kurių kartu su milicija buvo apie 1500 karių, kaudamiesi 60–70 km fronto ruože nuo Latvijos sienos iki Bernatonių netoli Panevėžio, su Lietuvos kariuomene sustabdė Raudonosios armijos kontrpuolimą. 1919 m. balandžio mėn. partizanų būriai sujungti į Joniškėlio partizanų mirties batalioną (4 kuopos). 1919 m. gegužės 20 d. jis pripažintas Lietuvos kariniu daliniu, pavadintas Atskiru partizanų batalionu. 1919 m. gegužės mėn. dalyvavo kovose su Raudonosios armijos daliniais Joniškėlio, Biržų apskrityse. 1919 m. rugpjūčio mėn. batalionas, pertvarkytas į Joniškėlio pėstininkų batalioną, dalyvavo Zarasų operacijoje. 1919 m. gruodžio 10 d. batalionas pertvarkytas į Devintąjį pėstininkų pulką. 1920 m. vasario 16 d. Prezidento įsaku 9-ajam pėstininkų pulkui suteiktas kunigaikščio Vytenio vardas. Vėliau šis karinis dalinys bus perkeltas į nuolatinę dislokacijos vietą – Marijampolę.
Dėl žmonių sutelkimo, vyravusios savitarpio pagalbos ir autonomiškumo partizanų valdoma teritorija gavo Joniškėlio respublikos pavadinimą.